骷髅洞穴是位于沙漠区域左上方的矿井区域，和鹈鹕镇矿井类似里面有着各种矿石以及更为强大的怪物。骷髅洞穴的开始条件首先是要修复鹈鹕镇的公交站，这样才能进入到沙漠区域中，如果玩家选择的是社区中心的修复路线，则是要在金库收集包全部收集完成后一天公交车就会修复。joja路线就只用交付一定的金币完去完成规划书中的公交车修复，同样是第二天就能前往乘坐来到沙漠。

进入骷髅洞穴还需要有头骨钥匙，不然这里就是处于被锁住的情形，头骨钥匙则是要玩家第一次到达鹈鹕镇矿井120层宝箱里得到的物品。和矿井不同的是骷髅洞穴并没有可以保存层数进度的“电梯”，每次进入都是会从第一层开始，在骷髅洞穴中因生活值过低晕倒是会在鹈鹕镇的诊所醒来，医生哈维会收取一千金币的治疗费，背包栏里的物品也会有三栏处于觉悟情形，玩家只能通过公会马龙用金币找回其中一样物品。骷髅洞穴的层数机制除了通过楼梯下一层，还有着壹个不可预测的洞穴可以选择跳下去，洞穴会随机让人物落不同的层数，最多的情况是能直接落二十多层，通过洞穴落下是会根据层数扣除一定的血量，玩家血量最少是会保持在一点，不会由于跳洞晕倒送去医疗室。

运气依然是影响矿石、物品以及梯子洞口出现的概率，铱矿石也是能在骷髅洞穴大量获取的，除了直接开采的铱矿，一些怪物也是有也许在击杀后掉落。在采矿等级二级解开的楼梯道具，也可以在这里运用，更快的进入高层数是有着更大概率得到稀有矿石，在制作需求上是要99个石头。人物第一次进入到骷髅洞穴后，是会在第二天起床收到齐先生寄来的信件，同时会接取齐先生挑战这个任务，只要在骷髅洞穴到达25层就能得到一万金币的奖励，奖励是在完成任务后的第二天邮寄过来，如果玩家第一次进入洞穴下矿就已经达到了25层，第二天的任务就会显示已完成。

在冬季解开了秘密纸条剧情，得到了放大镜道具，就能通过多种方法得到秘密纸条，其中秘密纸条#10在阅读后，是能接到壹个任务，任务提示里告知玩家齐先生在骷髅洞穴深处等着大家，之后在玩家达到骷髅洞穴100层就可以进入到剧情动画里，齐先生会送给玩家一瓶铱蛇牛奶，在喝下后人物的生活值上限永久得到了25点的提高。骷髅洞穴有着一种独特感染层，在这里玩家是会进入史前时代，除了场景的变化，这里的怪物都是会喷火的绿色恐龙，攻击上是会缓慢的转动面给持续喷出火焰，在攻击后避免站在恐龙正面给前就能做到无伤攻击，击败后是能掉落古物，全部收集齐捐赠给博物馆就能得到树懒骨架的装饰品。